Alors que la CAF s'apprête à faire passer la CAN aux années impaires à partir de 2013. la Confédération Africaine de Football a modifié le processus de qualification, à titre exceptionnel pour l’édition Sud Africaine.la phase éliminatoire se déroulera sur deux tours principaux et par matchs aller-retour à partir de janvier 2012.

Confrontée à un casse-tête, du fait du passage de la Coupe d’Afrique des Nations aux années impaires, la Confédération Africaine de Football a tranché dans le vif en écourtant le processus de qualification pour l’édition 2013 dont la phase finale aura lieu en Afrique du Sud. Sachant qu’il n’y aura qu’une seule année calendaire pour le déroulement des qualifications, le Comité Exécutif a décidé de supprimer temporairement le système de poules alors les sélections s’affronteront sur deux tours par élimination directe selon le principe des matchs aller-retour, ce qui offre l’avantage de réduire le nombre de dates. Dans un premier temps, les pays non qualifiés à la phase finale de la CAN 2012 prendront part au premier tour éliminatoire qui permettra de dégager quinze équipes, l'Afrique du Sud étant qualifiée d’office pour 2013 en tant que pays-hôte. Ces matchs se dérouleront entre le 15 janvier et le 15 février 2012, autrement dit à la même période que la CAN au Gabon et en Guinée Équatorial. Dans le cas où le nombre d’équipes engagées au départ serait supérieur à 45 (la CAF compte 53 membres), un tour préliminaire serait organisé. Dans cette hypothèse, c’est le classement FIFA qui servira de critère pour désigner les équipes contraintes à en passer par ce tour préliminaire. Le deuxième tour éliminatoire retiendra les quinze équipes ayant passé le premier tour. Il verra l’entrée en lice des 15 équipes ayant participé à la CAN 2012 (le Gabon et la Guinée Équatorial, coorganisateurs de la CAN 2012 disputeront préalablement un barrage par matchs aller et retour) et se déroulera également par élimination directe. La répartition des matchs se fera après un tirage au sort intégral.

Une fois passée l’édition 2013, les éliminatoires retrouveront leur cycle normal étalé sur deux ans et on utilisera à nouveau le système de mini-championnat sous forme de groupes pour connaitre les sélections qui disputeront l’édition 2015 au Maroc.